Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXC9P31274 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXC9P31274 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms