Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms