Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC112Q8NEF3 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms