Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms