Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIM2P55344 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIM2P55344 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIM2P55344 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIM2P55344 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIM2P55344 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76 ms