Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms