Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms