Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms