Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.14■□□□□ 0.82
VPS54Q9P1Q0 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS54Q9P1Q0 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms