Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMD1Q9UGP4 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms