Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP47Q96K76 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP47Q96K76 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms