Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms