Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SDC1P18827 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
SDC1P18827 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SDC1P18827 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms