Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms