Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
VPS39Q96JC1 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms