Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
COL4A3Q01955 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
COL4A3Q01955 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms