Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms