Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CCDC87Q9NVE4 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC87Q9NVE4 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms