Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA9P31269 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA9P31269 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms