Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
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