Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC61Q9Y6R9 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms