Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMCH1Q9UPQ0 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms