Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS29Q9UBQ0 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms