Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMCH1Q9UPQ0 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms