Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS53Q5VIR6 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS53Q5VIR6 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms