Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
PDLIM3Q53GG5 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms