Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms