Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SPTA1P02549 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SPTA1P02549 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms