Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms