Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HIF3AQ9Y2N7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HIF3AQ9Y2N7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HIF3AQ9Y2N7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms