Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4AQ9UN37 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS4AQ9UN37 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS4AQ9UN37 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS4AQ9UN37 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms