Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
BRPF3Q9ULD4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
BRPF3Q9ULD4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
BRPF3Q9ULD4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
BRPF3Q9ULD4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.2 ms