Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMPD3Q9NY59 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMPD3Q9NY59 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMPD3Q9NY59 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.8 ms