Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms