Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
NUP88Q99567 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
NUP88Q99567 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms