Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP28Q96RU2 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms