Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms