Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms