Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LHX3Q9UBR4 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
LHX3Q9UBR4 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms