Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms