Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
CHD9Q3L8U1 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
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