Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms