Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS28Q9UK41 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms