Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS29Q9UBQ0 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms