Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM28Q13263 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
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