Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms