Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC9Q9Y3X0 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC9Q9Y3X0 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 168.2 ms