Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
BRPF3Q9ULD4 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
BRPF3Q9ULD4 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.5 ms