Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms