Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
NUP88Q99567 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.3 ms